Levures indigènes vs sélectionnées

J'ai assisté, un soir de septembre dernier, à une dégustation comparative organisée par un vigneron de Chinon. Deux cuves de Cabernet Franc, même parcelle, même millésime, même date de vendange. La seule variable : les levures. La première cuve avait fermenté sur ses levures indigènes, celles qui peuplent la pellicule du raisin et les murs de la cave. La seconde avait reçu un sachet d'EC1118, la Saccharomyces cerevisiae la plus utilisée au monde. Dans le verre, le résultat était saisissant. Le vin indigène sentait la framboise écrasée, le poivre, quelque chose d'un peu sauvage que je n'arrivais pas à nommer. Le vin inoculé était propre, net, fruité, parfaitement exécuté. Les deux étaient bons. Mais ils ne racontaient pas la même histoire.

Ce soir-là, personne autour de la table n'était d'accord. Et c'est précisément le problème. Le débat entre levures indigènes et levures sélectionnées divise l'œnologie contemporaine comme peu de sujets techniques y parviennent. Il ne s'agit pas d'une querelle de puristes contre des techniciens. C'est une fracture philosophique sur ce que le vin doit être.

Les partisans des levures indigènes, dites aussi levures "natives" ou "sauvages", défendent une idée simple : la microflore d'un vignoble fait partie du terroir au même titre que le sol, le climat et le cépage. Supprimer cette flore en inoculant une souche industrielle, c'est effacer une couche de complexité.

La science leur donne des arguments solides. Une étude publiée dans Scientific Reports en 2015 par Knight et ses collaborateurs a démontré une corrélation entre la signature microbienne des vignobles néo-zélandais et le profil aromatique des vins produits. Autrement dit, chaque parcelle porte une empreinte microbienne qui influence le vin. Le concept de "terroir microbien" n'est plus une hypothèse romantique. Il repose sur des données de séquençage génomique.

Sur le plan sensoriel, des travaux récents confirment que les fermentations spontanées produisent des esters éthyliques et des arômes fruités et floraux en concentrations supérieures à celles obtenues avec la souche commerciale EC1118. L'analyse en composantes principales montre que les deux premiers axes expliquent 48,3 % de la variance totale, et que le second axe distingue nettement les vins indigènes des vins inoculés. Ce n'est pas marginal.

Jo Landron, vigneron en Muscadet, travaille en fermentation spontanée depuis des années. Il gère les éventuels ralentissements avec deux souches qu'il a sélectionnées sur son propre domaine. Son constat, direct : les fermentations spontanées donnent des vins "plus complexes". Ce n'est pas un argument scientifique, c'est un retour de terrain. Mais quand un vigneron de cette trempe le dit après trente ans de pratique, ça pèse.

La charte Vin Méthode Nature va plus loin : les levures indigènes y sont obligatoires. Le soufre total doit rester sous 30 mg/L (contre 150 à 200 en conventionnel selon la couleur, 100 à 150 en bio). Environ cent vignerons adhéraient à cette charte en 2020. Le mouvement grandit.

L'autre camp ne manque pas d'arguments. Et il serait malhonnête de les caricaturer.

Pasteur a publié ses "Études sur le vin" en 1866. Lallemand, leader mondial, commercialise des souches depuis les années 1970. Aujourd'hui, plus de 250 souches sont disponibles sur le marché. Le coût reste modeste : entre 0,80 et 1,60 euro par hectolitre en 2015.

La raison d'être des LSA est la fiabilité. En Australie, selon une enquête de terrain, 68 % des vignerons inoculent au moins 75 % de leurs fermentations. Et 86 % d'entre eux rapportent que 5 % ou plus de leurs fermentations nécessitent des interventions correctives pour cause de blocage ou ralentissement. Ce chiffre est rarement cité par les défenseurs du spontané, mais il est brutal. Une fermentation qui s'arrête, c'est un risque de volatile, de Brettanomyces, d'Acetobacter, de bactéries lactiques indésirables. C'est un vin potentiellement perdu.

Les fermentations spontanées posent des difficultés dans environ 30 % des cas. C'est un sur trois. Pour un domaine qui produit dix cuvées, ça veut dire trois cuves par an où il faut intervenir, surveiller, parfois sauver. Quand votre revenu dépend de chaque cuve, la prise de risque n'a rien de romantique.

Et sur le plan du taux d'alcool final, la question est réglée : les études montrent que la différence entre levures indigènes et commerciales n'est pas significative (entre 19,09 et 19,64 g/L d'éthanol). Les indigènes ne font pas des vins plus "légers" ou plus "naturels" sur ce paramètre. Ce mythe a la vie dure.

Pour comprendre le débat, il faut savoir ce qui se passe pendant une fermentation spontanée. Ce n'est pas une seule levure qui travaille. C'est une succession.

Au départ, ce sont les non-Saccharomyces qui dominent : Hanseniaspora, Metschnikowia, Torulaspora, Pichia, Candida. Hanseniaspora reste majoritaire pendant les premiers jours, jusqu'à ce que l'éthanol dépasse 4 à 5 % vol. Ces levures produisent des composés aromatiques spécifiques, des esters, des alcools supérieurs, des thiols volatils, que Saccharomyces cerevisiae ne produit pas ou produit différemment. Puis, à mesure que l'alcool monte, Saccharomyces prend le relais et finit par représenter la quasi-totalité de la population en fin de fermentation.

Cette succession est la source de la complexité tant vantée par les partisans de l'indigène. Quand vous inoculez une souche commerciale de Saccharomyces dès le départ, vous court-circuitez cette phase initiale. Les non-Saccharomyces sont écrasées par la compétition. Le vin est plus prévisible, mais il perd cette couche aromatique intermédiaire.

L'industrie l'a compris. Seulement 19 % des vignerons australiens utilisaient des non-Saccharomyces en co-inoculation en 2024. Mais le marché des levures oenologiques sèches pesait 1,59 milliard de dollars cette même année, avec une projection à 2,5 milliards en 2035 (croissance annuelle de 4,17 %). Des entreprises comme Lallemand, mais aussi Biocépage, Sarco et Sofralab, développent désormais des levures non-Saccharomyces commerciales. Le paradoxe : on sélectionne industriellement des levures "sauvages" pour reproduire l'effet du spontané sans le risque. Plus de cent domaines utilisent déjà cette approche hybride.

Il existe une troisième voie que les puristes des deux camps ont du mal à reconnaître. Le pied de cuve indigène consiste à prélever du moût trois à huit jours avant la récolte, à le laisser fermenter à 20-25 degrés Celsius avec un apport d'azote d'au moins 200 mg/L, puis à l'utiliser comme starter à hauteur de 3 % du volume total.

C'est de l'inoculation. Mais avec les levures du domaine. Le compromis permet de sécuriser le démarrage fermentaire tout en préservant la signature microbienne locale. Le Domaine Lynch Bages, à Pauillac, pratique la sélection de levures indigènes spécifiques à ses parcelles de Merlot depuis 2013. Le coût de cette sélection sur mesure est conséquent : entre 4 000 et 10 000 euros par parcelle. Ce n'est pas à la portée de tout le monde.

J'ai goûté des vins issus de pieds de cuve indigènes à plusieurs reprises, notamment lors d'un salon à Angers l'hiver dernier. La frontière gustative avec le pur spontané m'a semblé mince. Peut-être que mon palais n'est pas assez affûté. Peut-être que la différence est réelle mais subtile. Sur ce point précis, je ne tranche pas.

Ce débat est souvent présenté comme une opposition binaire. Les vins naturels d'un côté, l'industrie de l'autre. La vérité est plus compliquée, et plus intéressante.

Les levures indigènes ne sont pas intrinsèquement "meilleures". Elles produisent des vins différents, souvent plus complexes sur le plan aromatique, parfois plus instables. Les levures sélectionnées ne sont pas intrinsèquement "artificielles". Elles permettent de vinifier proprement, de manière reproductible, avec un risque maîtrisé. Le problème n'est pas le choix de l'outil. C'est l'intention derrière.

Un vigneron qui inocule par paresse, parce qu'il ne veut pas surveiller ses cuves, passe à côté de quelque chose. Un vigneron qui refuse toute inoculation par dogme, quitte à perdre des cuves, se ment à lui-même sur la réalité du vivant.

Ce qui me retient dans la viticulture régénérative et dans les mouvements qui repensent la relation au terroir, c'est que la question des levures y est centrale. Le terroir ne s'arrête pas au sol et au climat. Il inclut le microscopique. Et le microscopique, par définition, échappe au contrôle total.

Si je devais conseiller un ami vigneron, je lui dirais ceci : commence par connaître tes levures. Fais séquencer ta parcelle. Tente le spontané sur une cuve, pas sur toute ta production. Observe. Et si ça bloque, n'aie pas honte d'intervenir. Le vocabulaire de la dégustation distingue la complexité de la propreté. Les deux ont de la valeur. Mais la complexité, quand elle fonctionne, laisse une empreinte que la propreté seule ne produit pas.

Le vin que j'ai préféré ce soir-là à Chinon, c'était l'indigène. Mais je comprenais pourquoi l'autre existait. Et c'est peut-être ça, la maturité : ne plus avoir besoin de choisir un camp pour apprécier le vin orange, le pétillant naturel ou le Bourgogne filtré sur lie fine. Savoir que le débat est plus riche que la réponse.

• Knight et al., 2015 : Regional microbial signatures positively correlate with differential wine phenotypes (Scientific Reports)
• Analyse sensorielle levures indigènes vs EC1118 (PMC, 2023)
• Réussir Vigne : levures indigènes sélectionnées au domaine
• Charte Vin Méthode Nature : FAQ et cahier des charges
• INRAE : écologie microbienne du raisin et vinification (HAL)
• IFV VigneVin : fiches pratiques levures oenologiques
• Alperstein et al., 2023 : Modern yeast development, Australian winemaker survey (FEMS Yeast Research)